Approach for the Simulation and Modeling of Flexible Rings: Application to the α-<scp>d</scp>-Arabinofuranoside Ring, a Key Constituent of Polysaccharides from <i>Mycobacterium </i><i>tuberculosis</i>
Notice bibliographique
Résumé
A number of lower organisms (bacteria, fungi, and parasites) produce glycoconjugates that contain furanose rings. Of particular interest to our group are cell wall polysaccharides from mycobacteria, including the human pathogen, Mycobacterium tuberculosis, which contain a large number of arabinofuranose resides. As part of a larger project on the conformational analysis of these molecules, we report here molecular dynamics simulations on methyl α- d -arabinofuranoside ( 1 ) using the AMBER force field and the GLYCAM carbohydrate parameter set. We initially studied the ability of this method to predict rotamer populations about the hydroxymethyl group (C4−C5) bond. Importantly, we show that simulation times of up to 200 ns are required in order to obtain convergence of the rotamer populations for this ring system. We also propose a new charge derivation approach that accounts for the flexibility of the furanoside ring by taking an average of the charges from a large number of conformers across the psuedorotational itinerary. The approach yields rotamer populations that are in good agreement with available NMR data and, in addition, provides insight into the nature of the puckering angle and amplitude in 1 .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».