Rapid generation of nested chromosomal deletions on mouse chromosome 2
Notice bibliographique
Résumé
Nested chromosomal deletions are powerful genetic tools. They are particularly suited for identifying essential genes in development either directly or by screening induced mutations against a deletion. To apply this approach to the functional analysis of mouse chromosome 2, a strategy for the rapid generation of nested deletions with Cre recombinase was developed and tested. A loxP site was targeted to the Notch1 gene on chromosome 2. A targeted line was cotransfected with a second loxP site and a plasmid for transient expression of Cre. Independent random integrations of the second loxP site onto the targeted chromosome in direct repeat orientation created multiple nested deletions. By virtue of targeting in an F(1) hybrid embryonic stem cell line, F(1)(129S1xCast/Ei), the deletions could be verified and rapidly mapped. Ten deletions fell into seven size classes, with the largest extending six or seven centiMorgans. The cytology of the deletion chromosomes were determined by fluorescent in situ hybridization. Eight deletions were cytologically normal, but the two largest deletions had additional rearrangements. Three deletions, including the largest unrearranged deletion, have been transmitted through the germ line. Several endpoints also have been cloned by plasmid rescue. These experiments illustrate the means to rapidly create and map deletions anywhere in the mouse genome. They also demonstrate an improved method for generating nested deletions in embryonic stem cells.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».