MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W1978189997 · doi:10.1094/pdis-07-13-0699-pdn

First Report of <i>Streptomyces galilaeus</i> Associated with Common Scab in China

2013· article· en· W1978189997 sur OpenAlexaff
Fengling Guo, H. Y. Zhang, Xiumei Yu, Wensheng Zhao, D. Q. Liu, Claudia Goyer

Notice bibliographique

RevuePlant Disease · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant Disease Resistance and Genetics
Établissements canadiensAgriculture and Agri-Food Canada
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologySporeInoculationSowingAgarHorticultureCommon scabStrain (injury)PathogenPotato dextrose agarAgar plateStreptomycesBotanyBacteriaMicrobiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

During a survey of potato scab pathogens in China from 2003 to 2012, a new pathogen was found in Shanxi and Neimenggu provinces. The incidence was approximately 20% of all recovered strains. The lesions caused by the pathogen were slightly raised and similar to those caused by Streptomyces scabies (3). Lesions were excised (approximately 10 mm3) from 40 infected tubers, surface-disinfested with 0.3% NaOCl for 30 s, rinsed in sterile water three times, cut into 5 mm3, then sliced into 1-mm pieces, and plated on water agar amended with ampicillin (50 μg/ml). Plates were incubated at 28°C in the dark for 4 days. The spores of Streptomyces sp. strains growing from the tuber pieces were collected from single bacterial colonies and cultured on oatmeal agar. To fulfill Koch's postulates, one strain, CPS-2, was grown at 28°C for 10 days and the spores were washed from the plates as inoculum. One hundred milliliters of inoculum (1 × 105 CFU/ml) was mixed with autoclaved soil and vermiculite (1:1) in each pot (15 cm in diameter). Cut tubers were planted in the pots (potato cv. Favorita, one plant per pot, five replicates) and grown under greenhouse conditions (22 ± 5°C). Typical common scab symptoms consisting of small, brown, raised lesions developed on potato tubers 12 weeks after planting. The same strain was re-isolated from the lesions of the new scabby tubers. Non-inoculated plants, treated as described above, but without strain CPS-2, remained healthy. The CPS-2 strain was identified based on morphological and physiological characterization and 16S rDNA sequence. On yeast-malt extract agar, the test strain produced grayish-white aerial hypha, reddish brown substrate mycelium and pigments, and loose spiral spore chains. Spores were smooth and were 0.8 to 0.9 × 1.1 to 1.2 μm in size (diameter and length). The ability of the strain to use single sources of carbon and nitrogen was verified according to the International Streptomyces project (4). The strain grew in media supplemented with L-arabinose, D-fructose, D-glucose, rhamnose, raffinose, meso-inositol, sucrose, and D-xylose, but not D-mannitol. It used L-hydroxyproline, L-methionine, and L-histidine, and produced melanin on tyrosine and peptone yeast extract agar. The strain did not grow at a pH less than 5.0 and was sensitive to streptomycin (20 μg/ml), phenol (0.1%), and crystal violet (0.5 μg/mL), but not to penicillin (10 IU/ml). The strain also produced hydrogen sulfide. The biological characteristics of strain CPS-2 were in accord with Streptomyces galilaeus. CPS-2 produced thaxtomin A in oatmeal liquid medium and the txt AB gene fragment was successfully amplified using specific primers (2). The 16S rDNA sequence of CPS-2 was amplified by PCR with primers 16S1-F: 5′-CATTCACGGAGAGTTTGATCC-3′ and 16S1-R: 5′-AGAAAGGAGGTGATCCAGCC-3′ (1) and sequenced. A BLAST search of the 16S rDNA sequence for CPS-2 was conducted using the NCBI GenBank database, resulting in 99.8% similarity to S. galilaeus (NR_040857). The 16S rDNA sequence for CPS-2 (1,388 bp) was deposited in GenBank (AY621378). To our knowledge, this is the first report of S. galilaeus causing common scab of potato in China. References: (1) R. A. Bukhalid et al. Appl. Environ. Microbiol. 68:738, 2002. (2) R. Flores-González et al. Plant Pathol. 57:162, 2008. (3) D. H. Lambert and R. Loria. Int. J. Syst. Bacteriol. 39:387, 1989. (4) E. B. Shirling and D. Gottlieb. Int. J. Syst. Bacteriol. 16:313, 1966.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,024
Score d'incertitude au seuil0,047

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,180
Écart entre enseignants0,173 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuePlant DiseaseMême sujetPlant Disease Resistance and GeneticsTravaux en français237 207