Matrix‐assisted laser desorption/ionization on‐target method for the investigation of oligosaccharides and glycosylation sites in glycopeptides and glycoproteins
Notice bibliographique
Résumé
The significance of glycoproteins in living systems instigates the ceaseless expansion of new techniques and procedures for the analysis of biological samples. Many of these applications are focused on improving the detection limit of analyzed material. In a previous study, we described a procedure for the detection of oligosaccharides cleaved from tryptic glycopeptides. Treatment of deglycosylated fractions with phenylhydrazine gave rise to peaks consistent with labeled glycans, and both types of compounds--deglycosylated peptides and oligosaccharides--were recorded from one spot and observed in one matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI) mass spectrum for the first time. Here, we added an additional step to this simple procedure of deglycosylating glycopeptides directly from the target spot of the first analyzed glycosylated peptides. For the purpose of this new study, a mixture of 2-aza-2-thiothymine and phenylhydrazine hydrochloride showed to be an excellent matrix for glycopeptides, oligosaccharides, deglycosylated peptides and moreover it allowed PNGaseF to be active enough to cleave oligosaccharides from peptides. The efficiency of this procedure is demonstrated on a series of intact glycoproteins and on the analysis of tryptic peptides obtained from IgG and total mouse serum. This one-step on-target deglycosylation method with subsequent derivatization on the same spot makes MALDI-MS analyses of glycopeptides fast, simple and accessible for biological samples, where classical procedures cannot produce useful results.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».