Consolidation of the Thioredoxin Fold by Peptide Recognition: Interaction between <i>E. coli</i> Thioredoxin Fragments 1−93 and 94−108
Notice bibliographique
Résumé
Escherichia coli thioredoxin (TRX) catalyzes redox reactions via the reversible oxidation of the conserved active center WCGPC. TRX is a monomeric alpha/beta protein with a fold characterized by a central beta-sheet surrounded by alpha-helical elements. The interaction of the C-terminal alpha-helix (helix 5) of TRX against the remainder of the protein involves the close packing of hydrophobic surfaces, opening the possibility of studying a fine-tuned molecular recognition phenomenon. To evaluate the relevance of this interaction on the folding mechanism of TRX, we characterize TRX1-93, a truncated variant of TRX devoid of the last stretch of 15 amino acid residues that includes helix 5. TRX1-93 may possibly represent a molecular form where the folding process becomes interrupted, giving rise to a structure exhibiting the features of a molten globule state. This was assessed by circular dichroism, intrinsic fluorescence, binding of the probe ANS, size-exclusion chromatography, limited proteolysis, and calorimetry. Remarkably, fragment TRX1-93 interacts with peptide TRX94-108 (KD approximately 2-12 microM), bringing forth the restoration of native-like signatures and enzymic function. This represents a molecular event of reciprocal structure selection where both partners gain order, thus leading to long-range consequences on conformation. In this context, the binding of the C-terminal helix could signify a late event in the consolidation of the overall TRX fold.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».