Compound <scp>P</scp>oisson‐gamma vs. delta‐gamma to handle zero‐inflated continuous data under a variable sampling volume
Notice bibliographique
Résumé
Summary Ecological data such as biomasses often present a high proportion of zeros with possible skewed positive values. The Delta‐Gamma (DG) approach, which models separately the presence–absence and the positive biomass, is commonly used in ecology. A less commonly known alternative is the compound Poisson‐gamma (CPG) approach, which essentially mimics the process of capturing clusters of biomass during a sampling event. Regardless of the approach, the effort involved in obtaining a sample (henceforth called the sampling volume, but could also include swept areas, sampling durations, etc.), which can potentially be quite variable between samples, needs to be taken into account when modelling the resulting sample biomass. This is achieved empirically for the DG approach (using a generalized linear model with sampling volume as a covariate), and theoretically for the CPG approach (by scaling a parameter of the model). In this study, the consequences of this disparity between approaches were explored first using theoretical arguments, then using simulations and finally by applying the approaches to catch data from a commercial groundfish trawl fishery. The simulation study results point out that the DG approach can lead to poor estimates when far from standard idealized sampling assumptions. On the contrary, the CPG approach is much more robust to variable sampling conditions, confirming theoretical predictions. These results were confirmed by the case study for which model performances were weaker for the DG. Given the results, care must be taken when choosing an approach for dealing with zero‐inflated continuous data. The DG approach, which is easily implemented using standard statistical softwares, works well when the sampling volume variability is small. However, better results were obtained with the CPG model when dealing with variable sampling volumes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,022 | 0,064 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,022 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».