Small Angle X-ray Scattering Analysis of Clostridium thermocellum Cellulosome N-terminal Complexes Reveals a Highly Dynamic Structure
Notice bibliographique
Résumé
Clostridium thermocellum produces the prototypical cellulosome, a large multienzyme complex that efficiently hydrolyzes plant cell wall polysaccharides into fermentable sugars. This ability has garnered great interest in its potential application in biofuel production. The core non-catalytic scaffoldin subunit, CipA, bears nine type I cohesin modules that interact with the type I dockerin modules of secreted hydrolytic enzymes and promotes catalytic synergy. Because the large size and flexibility of the cellulosome preclude structural determination by traditional means, the structural basis of this synergy remains unclear. Small angle x-ray scattering has been successfully applied to the study of flexible proteins. Here, we used small angle x-ray scattering to determine the solution structure and to analyze the conformational flexibility of two overlapping N-terminal cellulosomal scaffoldin fragments comprising two type I cohesin modules and the cellulose-specific carbohydrate-binding module from CipA in complex with Cel8A cellulases. The pair distribution functions, ab initio envelopes, and rigid body models generated for these two complexes reveal extended structures. These two N-terminal cellulosomal fragments are highly dynamic and display no preference for extended or compact conformations. Overall, our work reveals structural and dynamic features of the N terminus of the CipA scaffoldin that may aid in cellulosome substrate recognition and binding.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».