In vitro and in vivo characterization of <i>Caenorhabditis elegans</i> PHA‐4/FoxA response elements
Notice bibliographique
Résumé
Caenorhabditis elegans PHA-4 is a member of the FoxA group of transcription factors. PHA-4 is critical for development of the C. elegans pharynx and directly regulates most or all pharyngeal genes. The consensus binding site of PHA-4 has not been identified, with previous analysis of PHA-4 targets relying on the mammalian FoxA consensus. Here, we use in vitro and in vivo analyses to demonstrate three features of PHA-4 response elements. First, the PHA-4 consensus matches that of other FoxA proteins, but only a subset of possible sites is active in an in vivo assay. Second, sequence flanking the core PHA-4 site can influence the strength of reporter expression in vivo, as seen for other Fox proteins. Third, in the context of some pharyngeal promoters, PHA-4 response elements are flanked by distinct cis-regulatory elements that modulate response to PHA-4, generating gene expression in specific pharyngeal cell types.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».