Ligand recognition determinants of guanine riboswitches
Notice bibliographique
Résumé
Guanine riboswitches negatively modulate transcription upon guanine binding. The aptamer domain is organized around a three-way junction which forms the ligand binding site. Using currently available 89 guanine aptamer sequences, a consensus secondary structure is deduced and reveals differences from the previously identified aptamer consensus. Three positions are found to display different nucleotide requirements. Using a 2-aminopurine binding assay, we show that variations are allowed depending on the aptamer context. However, changes at position 48 markedly decrease ligand binding in a context-independent fashion. This is consistent with previous observations with the adenine riboswitch in which position 48 was proposed to interact with position 74, which normally base pairs with the ligand. The in vivo transcriptional control of endogenous Bacillus subtilis guanine riboswitches was studied using RT-qPCR assays. The ratio of elongated/terminated transcripts is decreased in presence of a high concentration of guanine but is dependent on the riboswitch analyzed. In general, the aptamer-2AP complex affinity correlates well with the in vivo regulation efficiency of the corresponding riboswitch. These studies suggest that core variations of guanine aptamers are used to produce a spectrum of ligand binding affinities which is used in vivo by host riboswitches to perform gene regulation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».