A proposal for the naming of N-glycosylation pathway components in Archaea
Notice bibliographique
Résumé
To the Editor, In 1976, the long-held opinion that N-glycosylation was a trait restricted to eukaryotes was overturned when the surface-layer glycoprotein from the archaeon Halobacterium salinarum was shown to undergo such post-translational modification (Mescher and Strominger, 1976). Largely based on genomic studies, it is now believed that N-glycosylation is a common process in Archaea (Kaminski et al., 2013). Analysis of the limited number of characterized archaeal N-linked glycan reveals diversity in composition unparalleled in either eukaryal or bacterial N-glycosylation (Schwarz and Aebi, 2011; Eichler, 2013). Such variety is indicative of N-glycosylation in Archaea being largely mediated by different, species-specific pathways. Current biochemical descriptions of archaeal N-glycosylation systems support this claim (Jarrell et al., 2010; Eichler, 2013; Meyer and Albers, 2013). As such, it is essential that workers in the field adhere to a common nomenclature for the genes and proteins involved in the archaeal version of this post-translational modification. Indeed, by adopting an agreed upon naming system, some of the ambiguity plaguing the field of bacterial protein glycosylation might be avoided. For instance, although PglB, PglC, PglD, PglE and PglF all contribute to N-glycosylation in Campylobacter jejuni and O-glycosylation in Neisseria gonorrhoeae, proteins bearing the same name serve very different roles in each system (Linton et al., 2005; Aas et al., 2007).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,018 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,005 |
| Communication savante | 0,004 | 0,007 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,008 | 0,018 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».