Profiling the Substrate Specificity of Viral Protease VP4 by a FRET-Based Peptide Library Approach
Notice bibliographique
Résumé
Knowing the substrate specificity of a protease is useful in determining its physiological substrates, developing robust assays, and designing specific inhibitors against the enzyme. In this work, we report the development of a combinatorial peptide library method for systematically profiling the substrate specificity of endopeptidases. A fluorescent donor (Edans) and quencher (Dabcyl) pair was added to the C- and N-termini of a support-bound peptide. Protease cleavage of the peptide removed the N-terminal quencher, resulting in fluorescent beads, which were isolated and individually sequenced by partial Edman degradation and mass spectrometry (PED-MS) to reveal the peptide sequence, as well as the site of proteolytic cleavage. The method was validated with bovine trypsin and Escherichia coli leader peptidase and subsequently applied to determine the substrate specificity of a viral protease, VP4, derived from the blotched snakehead virus (BSNV). The results show that VP4 cleaves peptides with a consensus sequence of (Abu/Ala/Pro)-X-Ala downward arrowX, in agreement with the previously observed cleavage sites in its protein substrates. Resynthesis and a solution-phase assay of several representative sequences against VP4 confirmed the library screening results.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».