Phylogenetics and Taxonomy of the Fungal Vascular Wilt Pathogen Verticillium, with the Descriptions of Five New Species
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Notice bibliographique
Résumé
Knowledge of pathogen biology and genetic diversity is a cornerstone of effective disease management, and accurate identification of the pathogen is a foundation of pathogen biology. Species names provide an ideal framework for storage and retrieval of relevant information, a system that is contingent on a clear understanding of species boundaries and consistent species identification. Verticillium, a genus of ascomycete fungi, contains important plant pathogens whose species boundaries have been ill defined. Using phylogenetic analyses, morphological investigations and comparisons to herbarium material and the literature, we established a taxonomic framework for Verticillium comprising ten species, five of which are new to science. We used a collection of 74 isolates representing much of the diversity of Verticillium, and phylogenetic analyses based on the ribosomal internal transcribed spacer region (ITS), partial sequences of the protein coding genes actin (ACT), elongation factor 1-alpha (EF), glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GPD) and tryptophan synthase (TS). Combined analyses of the ACT, EF, GPD and TS datasets recognized two major groups within Verticillium, Clade Flavexudans and Clade Flavnonexudans, reflecting the respective production and absence of yellow hyphal pigments. Clade Flavexudans comprised V. albo-atrum and V. tricorpus as well as the new species V. zaregamsianum, V. isaacii and V. klebahnii, of which the latter two were morphologically indistinguishable from V. tricorpus but may differ in pathogenicity. Clade Flavnonexudans comprised V. nubilum, V. dahliae and V. longisporum, as well as the two new species V. alfalfae and V. nonalfalfae, which resembled the distantly related V. albo-atrum in morphology. Apart from the diploid hybrid V. longisporum, each of the ten species corresponded to a single clade in the phylogenetic tree comprising just one ex-type strain, thereby establishing a direct link to a name tied to a herbarium specimen. A morphology-based key is provided for identification to species or species groups.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle