Nucleic Acids Exert a Sequence-independent Cooperative Effect on Sequence-dependent Activation of Toll-like Receptor 9
Notice bibliographique
Résumé
Toll-like receptor 9 (TLR9) activates the innate immune system in response to microbial DNA or mimicking oligodeoxynucleotides. Although cell stimulation experiments demonstrate the preferential activation of TLR9 by CpG-containing nucleic acids, direct binding investigations have reached contradictory conclusions with respect to the ability of this receptor to bind nucleic acids in a sequence-specific manner. To address this apparent discrepancy, we report the purification of the soluble ectodomain of human TLR9 with characterization of its ligand binding properties. We observe that TLR9 has a high degree of specificity in its ability to bind nucleic acids that contain CpG dinucleotides as well as higher order motifs that mediate species-specific activation. However, TLR9 is also functionally influenced by nucleic acids in a sequence-independent fashion as both stimulatory and nonstimulatory nucleic acids sensitize TLR9 for in vitro ligand binding as well as in vivo activation. We propose a model in which receptor activation is achieved in a sequence-dependent manner, and sensitivity is modulated by the absolute concentration of nucleic acids in a sequence-independent fashion. This model bears resemblance to that recently proposed for Toll in that activation is a two-step process in which formation of a ligand-bound monomer precedes formation of the activated dimer. In each model receptor sensitivity is determined within the second step with the crucial distinction that Toll undergoes negative cooperativity, whereas TLR9 is sensitized through a positive cooperative effect.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».