Bayesian segmentation of brainstem structures in MRI
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
In this paper we present a method to segment four brainstem structures (midbrain, pons, medulla oblongata and superior cerebellar peduncle) from 3D brain MRI scans. The segmentation method relies on a probabilistic atlas of the brainstem and its neighboring brain structures. To build the atlas, we combined a dataset of 39 scans with already existing manual delineations of the whole brainstem and a dataset of 10 scans in which the brainstem structures were manually labeled with a protocol that was specifically designed for this study. The resulting atlas can be used in a Bayesian framework to segment the brainstem structures in novel scans. Thanks to the generative nature of the scheme, the segmentation method is robust to changes in MRI contrast or acquisition hardware. Using cross validation, we show that the algorithm can segment the structures in previously unseen T1 and FLAIR scans with great accuracy (mean error under 1mm) and robustness (no failures in 383 scans including 168 AD cases). We also indirectly evaluate the algorithm with a experiment in which we study the atrophy of the brainstem in aging. The results show that, when used simultaneously, the volumes of the midbrain, pons and medulla are significantly more predictive of age than the volume of the entire brainstem, estimated as their sum. The results also demonstrate that the method can detect atrophy patterns in the brainstem structures that have been previously described in the literature. Finally, we demonstrate that the proposed algorithm is able to detect differential effects of AD on the brainstem structures. The method will be implemented as part of the popular neuroimaging package FreeSurfer.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle