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Enregistrement W1979632272 · doi:10.1165/rcmb.2008-0284oc

Global and Gene-Specific Translational Regulation in Rat Lung Development

2008· article· en· W1979632272 sur OpenAlexaff
Gail Otulakowski, Wenming Duan, Hugh OʼBrodovich

Notice bibliographique

RevueAmerican Journal of Respiratory Cell and Molecular Biology · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueNeonatal Respiratory Health Research
Établissements canadiensUniversity of TorontoHospital for Sick ChildrenCanadian Institutes of Health Research
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésLungGeneComputational biologyBiologyTranslational regulationTranslational researchPosttranslational modificationGeneticsTranslation (biology)MedicineInternal medicineMessenger RNABiotechnology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

During the peripartum period, the lung must respond to dramatic changes in circulating hormones, nutritional factors, and physiologic signals during its transition to becoming the organ of gas exchange. Protein synthesis consumes a significant proportion of metabolic resources and is inhibited by many environmental stresses. We hypothesized that translational control mechanisms play a role in the perinatal lung. Immunoblots of late-gestation (Fetal Day [FD] 17-22) rat lung extracts revealed gradual decreases in phosphorylated forms of the mammalian target of rapamycin effectors, eukaryotic initiation factor (eIF) 4E-binding protein, p70 S6 kinase, and ribosomal protein S6, followed by sharp increases on Postnatal Day 1 (P1). Immunohistochemistry showed phospho-S6 staining was most prominent in epithelial cells of the large and small airways. m(7)GTP-sepharose pulldown experiments showed a decrease in association of translation initiation factor, eIF4E, with its inhibitor, eIF4E-binding protein, and a concomitant increase in eIF4E association with eIF4G immediately after birth, and polysome profiles confirmed a decrease in abundance of large polysomes between FD19 and FD22, which was reversed on P1. Microarray analysis of polysomal versus total RNA from FD19, FD22, and P1 lungs was used to identify specific genes, the association of which with large polysomes changed either pre- or postnatally. RT-PCR and Northern blotting were used to confirm translational changes in selected candidate genes, including a prenatal increase in IL-18 and a postnatal decrease in regulatory subunit 2 of protein phosphatase 1. Translational regulation of IL-18 and protein phosphatase 1 regulatory (inhibitor) subunit 2 is gene-specific, as these changes contrast with the corresponding global changes in polysome abundance.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,326
Écart entre enseignants0,302 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations15
Publié2008
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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