Choice of indicator organism and library size considerations for phenotypic microbial source tracking by FAME profiling
Notice bibliographique
Résumé
The primary objective of this study was to investigate the effects of choice of the indicator organisms on the accuracy of classifying the fatty acid methyl ester (FAME) profiles of the known-source library isolates. First, a known-source library containing the FAME profiles of Enterococcus isolates cultured from six different possible sources of microbial pollution was developed. A total of 511 Enterococcus isolates were profiled: 120 isolates from sewage samples representing humans; 69 from dairy and cattle cow; 74 from chicken; 76 from swine; 94 from deer; and 78 from waterfowl. Classification of known-source Enterococcus isolates into their respective host categories resulted with a 66% average rate of correct classification (ARCC) in a six-way discriminant analysis (DA). The ARCC increased to 75% when the individual hosts were pooled into larger categories of human, livestock, and wildlife. The accuracy was 80% when isolates of human origin were discriminated against those of non-human origins. Recently, several studies reported the ARCCs for various classification schemes associated with total coliform (TC), fecal coliform (FC), and Escherichia coli of the known-source isolates. When the accuracy of classification of Enterococcus isolates was compared to those reported for TC, FC, and E. coli isolates, the lowest ARCCs were associated with classification of E. coli isolates, the only species level indicator organism among the four compared. It was found that the degree of discrimination increases as the indicator becomes more inclusive of bacteria from different genus. In addition, random cluster formation analysis indicates that known-source libraries with isolate numbers between 300 and 500 might be sufficient for MST by FAME.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Étiquettes directes de modèles (non validées)
Étiquettes de catégorie et de devis d'étude par modèle, issues des rondes d'étiquetage. C'est une sortie machine, non validée, et le désaccord entre modèles est livré comme donnée. Aucun devis ici n'est encore validé contre MEDLINE.
| Bras | Catégories | Devis d'étude | Confiance |
|---|---|---|---|
| gemma | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Empirique Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Expérimental (laboratoire) | low |
| gpt | aucune catégorie Domaine: non disponible · Genre: Empirique Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non | Expérimental (laboratoire) | high |
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,011 | 0,031 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéeÉtiqueté directement par 2 modèles lisant le dossier complet.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».