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Enregistrement W1979805809 · doi:10.1371/journal.pone.0034791

The Escherichia coli SOS Gene dinF Protects against Oxidative Stress and Bile Salts

2012· article· en· W1979805809 sur OpenAlexfundno aff
Jerónimo Rodríguez-Beltrán, Alexandro Rodríguez-Rojas, Javier R. Guelfo, Alejandro Couce, Jesús Blázquez

Notice bibliographique

RevuePLoS ONE · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueDNA Repair Mechanisms
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesEuropean Regional Development FundInstituto de Salud Carlos IIIInstitute of GeneticsSeventh Framework ProgrammeMinisterio de Ciencia e Innovación
Mots-clésEscherichia coliDNA damageReactive oxygen speciesOxidative stressDNA oxidationDNAChemistryBiologyDNA repairGeneBiochemistrySuperoxideHydroxyl radicalCell biologyRadicalEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

DNA is constantly damaged by physical and chemical factors, including reactive oxygen species (ROS), such as superoxide radical (O(2)(-)), hydrogen peroxide (H(2)O(2)) and hydroxyl radical (•OH). Specific mechanisms to protect and repair DNA lesions produced by ROS have been developed in living beings. In Escherichia coli the SOS system, an inducible response activated to rescue cells from severe DNA damage, is a network that regulates the expression of more than 40 genes in response to this damage, many of them playing important roles in DNA damage tolerance mechanisms. Although the function of most of these genes has been elucidated, the activity of some others, such as dinF, remains unknown. The DinF deduced polypeptide sequence shows a high homology with membrane proteins of the multidrug and toxic compound extrusion (MATE) family. We describe here that expression of dinF protects against bile salts, probably by decreasing the effects of ROS, which is consistent with the observed decrease in H(2)O(2)-killing and protein carbonylation. These results, together with its ability to decrease the level of intracellular ROS, suggests that DinF can detoxify, either direct or indirectly, oxidizing molecules that can damage DNA and proteins from both the bacterial metabolism and the environment. Although the exact mechanism of DinF activity remains to be identified, we describe for the first time a role for dinF.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,397

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,218
Écart entre enseignants0,199 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations48
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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