Changes in granulosa cells' gene expression associated with increased oocyte competence in bovine
Notice bibliographique
Résumé
One of the challenges in mammalian reproduction is to understand the basic physiology of oocyte quality. It is believed that the follicle status is linked to developmental competence of the enclosed oocyte. To explore the link between follicles and competence in cows, previous research at our laboratory has developed an ovarian stimulation protocol that increases and then decreases oocyte quality according to the timing of oocyte recovery post-FSH withdrawal (coasting). Using this protocol, we have obtained the granulosa cells associated with oocytes of different qualities at selected times of coasting. Transcriptome analysis was done with Embryogene microarray slides and validation was performed by real-time PCR. Results show that the major changes in gene expression occurred from 20 to 44 h of coasting, when oocyte quality increases. Secondly, among upregulated genes (20-44 h), 25% were extracellular molecules, highlighting potential granulosa signaling cascades. Principal component analysis identified two patterns: one resembling the competence profile and another associated with follicle growth and atresia. Additionally, three major functional changes were identified: (i) the end of follicle growth (BMPR1B, IGF2, and RELN), involving interactions with the extracellular matrix (TFPI2); angiogenesis (NRP1), including early hypoxia, and potentially oxidative stress (GFPT2, TF, and VNN1) and (ii) apoptosis (KCNJ8) followed by iii) inflammation (ANKRD1). This unique window of analysis indicates a progressive hypoxia during coasting mixed with an increase in apoptosis and inflammation. Potential signaling pathways leading to competence have been identified and will require downstream testing. This preliminary analysis supports the potential role of the follicular differentiation in oocyte quality both during competence increase and decrease phases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».