The distribution of phosphorylated SR proteins and alternative splicing are regulated by RANBP2
Notice bibliographique
Résumé
The mammalian cell nucleus is functionally compartmentalized into various substructures. Nuclear speckles, also known as interchromatin granule clusters, are enriched with SR splicing factors and are implicated in gene expression. Here we report that nuclear speckle formation is developmentally regulated; in certain cases phosphorylated SR proteins are absent from the nucleus and are instead localized at granular structures in the cytoplasm. To investigate how the nuclear architecture is formed, we performed a phenotypic screen of HeLa cells treated with a series of small interfering RNAs. Depletion of Ran-binding protein 2 induced cytoplasmic intermediates of nuclear speckles in G1 phase. Detailed analyses of these structures suggested that a late step in the sequential nuclear entry of mitotic interchromatin granule components was disrupted and that phosphorylated SR proteins were sequestered in an SR protein kinase-dependent manner. As a result, the cells had an imbalanced subcellular distribution of phosphorylated and hypophosphorylated SR proteins, which affected alternative splicing patterns. This study demonstrates that the speckled distribution of phosphorylated pre-mRNA processing factors is regulated by the nucleocytoplasmic transport system in mammalian cells and that it is important for alternative splicing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».