Molecular signatures for members of the genus Dehalococcoides and the class Dehalococcoidia
Notice bibliographique
Résumé
The bacteria belonging to the class Dehalococcoidia, due to their ability to dehalogenate chlorinated compounds, are of much interest for bioremediation of contaminated sites. We report here comparative analyses on different genes/proteins from the genomes of members of the class Dehalococcoidia. These studies have identified numerous novel molecular markers in the forms of conserved signature indels (CSIs) in broadly distributed proteins and conserved signature genes/proteins (CSPs), which are uniquely found in members of the class Dehalococcoidia, but except for an isolated exception, they are not found in other sequenced bacterial genomes. Of these molecular markers, nine CSIs in divergent proteins and 19 CSPs are specific for members of the genera Dehalococcoides and Dehalogenimonas, providing potential molecular markers for the bacterial class Dehalococcoidia. Additionally, four CSIs in divergent proteins and 28 CSPs are only found in all members of the genus Dehalococcoides for which genome sequences are available, but they are absent in Dehalogenimonas lykanthroporepellens and in other bacteria. The gene sequences of several of these CSPs exhibiting specificity for the genus Dehalococcoides or the class Dehalococcoidia are highly conserved and PCR primers based upon them provide a novel means for identification of other related bacteria. Two other CSIs identified in this study in the SecD and aspartate carbomyltransferase proteins weakly support an affiliation of the class Dehalococcoidia with the other members of the phylum Chloroflexi.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».