Assigning individual fish to populations using microsatellite DNA markers
Notice bibliographique
Résumé
Abstract New statistical developments combined with the use of highly polymorphic microsatellite DNA markers enable the determination of the population of origin of single fish, resulting in numerous new research possibilities and applications in practical management of fish populations. We first describe three main categories of methods available, i.e. (i) assignment tests and related methods, (ii) discriminant function analysis and (iii) artificial neural networks. In all these, individuals can be assigned to the population from which their multilocus genotypes are most likely to be derived. Assignment tests are based on calculations of the likelihood of multilocus genotypes in populations, based on allele frequencies. Discriminant function analysis is based on multivariate statistics, whereas artificial neural networks formulate predictions through exposure to correct solutions. Assignment tests are the methods of choice when considering genetic data alone, whereas discriminant function analysis and artificial neural networks may be useful when genetic data are combined with, for instance, morphological and ecological data. Assignment tests can be used to assess the genetic distinctness of populations, for discriminating among closely related species and to directly identify immigrants or individuals of immigrant ancestry, and thereby study patterns of dispersal among populations, including sex‐biased dispersal. In a conservation context, assignment tests can be used to assess the genetic impact of domesticated fish on wild populations and for determining if extant fish populations are in fact indigenous or descendants from stocked fish or strayers, and they can be applied in forensics, for instance to reveal poaching. Assignment tests are at present most useful for studies of freshwater and anadromous fishes owing to stronger genetic differentiation among populations than in marine fishes. However, some genetically divergent populations of marine fishes have been discovered, which could be used as natural laboratories for studying dispersal and gene flow. It is foreseen that ongoing developments in statistical methods, combined with improved techniques for screening large numbers of loci, will permit assignment methods to become standard tools in studies on the biology of fishes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».