Molecular characterization of proliferative lupus nephritis
Notice bibliographique
Résumé
The molecular events occurring within the kidney at diagnosis of lupus nephritis (LN) are incompletely understood. Despite use of intense immunosuppression, response rates are disappointingly low. We postulate that characterizing these events will lead to biomarker discovery and guide therapeutics. As proof of concept we evaluated the molecular pathology of LN kidney biopsies in a Latino cohort. We studied 19 pairs of proliferative LN biopsies and four normal control biopsies using Nanostring RNA technology. All patients had at least two biopsies with the first at LN flare and the second after a median follow-up of 8 months. Based on clinical parameters, five patients achieved complete remission (CR), 10 partial remission (PR) and four had no response (NR) by the time of repeat biopsy. A panel of 511 immune-response genes was analyzed for each biopsy. Data were log 2 transformed and quartile normalization was used to normalize data across samples. A linear model was used to compare the four groups (normal/CR/PR/NR) at baseline and a paired t test was used to compare baseline expression data at baseline and follow-up for each patient. Transcripts were considered to be differentially expressed if they differed by at least twofold and if P < 0.01. At flare, three transcripts were uniquely expressed in CR, seven transcripts in PR, and 20 transcripts in NR when compared with normal. When compared with NR flares, CR flares showed increased MME, FADD, and CD274 and decreased ITGB2 and C1S expression. Change in transcript expression from initial to repeat biopsy was compared within each group and between groups. From biopsy 1 to biopsy 2, the CR group showed increased NCAM1 and decreased ILRL1 and FKBP5 expression. The NR group showed increased IL1RAP and CD5 and decreased C7, IL28B, and IL12RB1 expression. When compared with the CR group, the NR group showed increased IL17a, NOS2, FCAR and IL1RAP and decreased NCAM1, C7, and IL28B expression. NR flares had significant activation of T-cell and B-cell receptor signaling, IL-10, STAT3, and TNF-R pathways when compared with CR flares. Compared with NR flares, CR flares showed significant activation of T-cell regulation, antigen presentation, and apoptotic pathways. The results of this study suggest that the molecular characteristics of responders are different than nonresponders. These data imply that molecular analysis of LN biopsies may provide prognostic information and guide choice of therapy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».