TrkA Receptor “Hot Spots” for Binding of NT-3 as a Heterologous Ligand
Notice bibliographique
Résumé
Neurotrophins signal via Trk tyrosine kinase receptors. Nerve growth factor (NGF) is the cognate ligand for TrkA, the brain-derived neurotrophic factor for TrkB, and NT-3 for TrkC. NT-3 also binds TrkA as a lower affinity heterologous ligand. Because neurotrophin-3 (NT-3) interactions with TrkA are biologically relevant, we aimed to define the TrkA "hot spot" functional docking sites of NT-3. The Trk extracellular domain consists of two cysteine-rich subdomains (D1 and D3), flanking a leucine-rich subdomain (D2), and two immunoglobulin-like subdomains IgC1(D4) and IgC2(D5). Previously, the D5 subdomain was defined as the primary ligand-binding site of neurotrophins for their cognate receptors (e.g. NGF binds and activates through TRKA-D5 hot spots). Here binding studies with truncated and chimeric extracellular subdomains show that TRKA-D5 also includes an NT-3 docking and activation hot spot (site 1), and competition studies show that the NGF and NT-3 hot spots on TRKA-D5 are distinct but partially overlapping. In addition, ligand binding studies provide evidence for an NT-3-binding/allosteric site on TRKA-D4 (site 2). NT-3 docking on sites 1 and/or 2 partially blocks NGF binding. Functional survival studies showed that sites 1 and 2 regulate TrkA activation. NT-3 docking on both sites 1 and 2 affords full agonism, which can be additive with NGF activation of Trk. However, NT-3 docking solely on site 1 is partially agonistic but noncompetitively antagonizes NGF binding and activation of Trk. This study demonstrates that Trk signaling is more complex than previously thought because it involves several receptor subdomains and hot spots.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».