A hierarchical order within protein structures underlies large separations between strands in β‐sheets
Notice bibliographique
Résumé
Protein β-sheets often involve nonlocal interactions between parts of the polypeptide chain that are separated by hundreds of residues, raising the question of how these nonlocal contacts form. A recent study of the smallest β-sheets found that their formation was not driven by signals hidden in the primary sequence. Instead, the strands in these sheets were either local in sequence, or, when separated by large sequential distances, the intervening residues were found to fold into compact modules that anchored distant parts of the chain in close spatial proximity. Here, we examine larger β-sheets to investigate the extensibility of this principle. From an analysis of the β-sheets in a nonredundant protein dataset, we find that a highly ordered hierarchical relationship exists in the intervening structure between nonlocal β-strands. This observation is almost universal: virtually all β-sheets, no matter their complexity, appear to adopt an antiparallel model to manage the nonlocal aspects of their assembly, one where the chain, having left the vicinity of an unfinished β-sheet, retraces its steps via the same route to complete the initial sheet. Exceptions typically involve unstructured regions at chain termini. Moreover, an analysis of the residues involved in nonlocal crossstrand interactions did not produce any evidence of a signal hidden in the sequence that might direct long-range interactions. These results build on those reported for the smallest sheets, suggesting that sheet formation is either local in sequence or local in space following prior folding events that anchor disparate parts of the chain in close proximity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».