Pollution induced community tolerance (PICT) and analysis of 16S rRNA genes to evaluate the long‐term effects of herbicides on methanotrophic communities in soil
Notice bibliographique
Résumé
Summary There is an increasing interest in agricultural systems in which the use of herbicides is forbidden. Therefore, soils treated with herbicides atrazine and metolachlor for the last 20 years were compared with soil samples from the same field that had never been treated (control soil). We determined the pollution induced community tolerance (PICT) by evaluating the methane oxidation capacity of soil samples after adding increasing amounts of a methane oxidation inhibitor, 2,4‐dichlorophenoxyacetic acid (2,4‐D). Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) of 16S rRNA genes assessed whether the soil methanotrophic community differed between the two treatments. Addition of 60 µg 2,4‐D per g soil clearly inhibited methane oxidation in both soils but increased the time needed to oxidize 5% methane in the headspace by 250% for the control soil compared with 175% for the herbicide‐treated soil. This indicates that the soil with a long‐term herbicide history had a greater tolerance to the methane oxidation inhibitor than did the control soil. The DGGE of 16S rRNA genes amplified directly from soil community DNA could also distinguish the two treatments. The banding patterns of the Type I methanotrophs contained fewer bands in the herbicide‐treated soil. It seems that both the PICT approach and DGGE analysis are effective assays to distinguish a long‐term herbicide‐treated soil from an untreated soil.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».