Characterization of pathogenic variants of <i>Elsinoë fawcettii</i> of citrus implies the presence of new pathotypes and cryptic species in Florida
Notice bibliographique
Résumé
Elsinoé fawcettii causes scab disease in citrus worldwide. Many E. fawcettii isolates produce the phytotoxin elsinochrome that is required for fungal pathogenesis. We previously observed that most of the field-collected E. fawcettii isolates from Florida produced scab on rough lemon (Citrus jambhiri), grapefruit (Citrus paradisi), and sour orange (Citrus aurantium), belonging to the “Florida Broad Host Range” pathotype. A small portion of the isolates failed to induce scab on sour orange, resembling the “Florida Narrow Host Range” pathotype. Of 71 isolates examined, 5 did not belong to either pathotype. In this study, we further investigated the pathological and genetic diversity of these isolates using three index hosts and molecular analyses. Isolate Ef10 was weakly virulent to grapefruit yet nonpathogenic to others; isolate Ef17 induced strong necrosis on grapefruit and sour orange but not on rough lemon; isolates Ef29 and Ef49 were weakly virulent on rough lemon and grapefruit but nonpathogenic to sour orange. Isolate Ef41 failed to produce detectable levels of elsinochrome and did not affect leaves of any species. This isolate produces smaller hyaline conidia compared with other isolates and is a genotypically distinct strain or subspecies as deduced from restriction fragment length polymorphisms and sequence analysis of both the internal transcribed spacer (ITS) of ribosomal DNA and β-tubulin gene fragments and from random amplified polymorphic DNA fragments. Phylogenetic analysis based on the ITS1 region clearly differentiated isolate Ef41 from the other E. fawcettii isolates. Ef41 also displays very distinct extracellular activities of cell wall degrading enzymes and proteases. The results imply the presence of novel pathogenic variant or cryptic subspecies of E. fawcettii that were not previously described in Florida.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».