FINDING CONSERVED WELL-ORDERED RNA STRUCTURES IN GENOMIC SEQUENCES
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Recent advances in RNA studies show that the well-ordered, structured RNAs perform a broad functions in various biological mechanisms. Included among these functions are regulations of gene expression at multiple levels by diversified ribozymes and various RNA regulatory elements. The discovered microRNAs (miRNAs) with a distinct stem-loops are a new class of RNA regulatory elements. The prediction of those well-ordered folding sequences (WFS) associated with the RNA regulatory elements in genomic sequences is very helpful for our understandings of RNA-based gene regulations. We present here a new computational method in searching for the conserved WFS in genomes. In the method, the WFS is assessed by a quantitative measure E diff that is defined as the difference of free energies between the computed optimal structure (OS) and its corresponding optimal restrained structure where all the previous base pairings in the OS are forbidden. From those WFS with high E diff scores, the conserved WFS is determined by computing the maximal similarity score (MSS) between the two compared structures. In practice, we first search for those distinct WFS with high statistical significance in genomic sequences and then seek for those conserved WFS with high MSS. The potential and implications of our discoveries in the genome of Caenorhabditis elegans are discussed.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle