A Phylogenetic Re-Analysis of Groupers with Applications for Ciguatera Fish Poisoning
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Ciguatera fish poisoning (CFP) is a significant public health problem due to dinoflagellates. It is responsible for one of the highest reported incidence of seafood-borne illness and Groupers are commonly reported as a source of CFP due to their position in the food chain. With the role of recent climate change on harmful algal blooms, CFP cases might become more frequent and more geographically widespread. Since there is no appropriate treatment for CFP, the most efficient solution is to regulate fish consumption. Such a strategy can only work if the fish sold are correctly identified, and it has been repeatedly shown that misidentifications and species substitutions occur in fish markets. METHODS: We provide here both a DNA-barcoding reference for groupers, and a new phylogenetic reconstruction based on five genes and a comprehensive taxonomical sampling. We analyse the correlation between geographic range of species and their susceptibility to ciguatera accumulation, and the co-occurrence of ciguatoxins in closely related species, using both character mapping and statistical methods. RESULTS: Misidentifications were encountered in public databases, precluding accurate species identifications. Epinephelinae now includes only twelve genera (vs. 15 previously). Comparisons with the ciguatera incidences show that in some genera most species are ciguateric, but statistical tests display only a moderate correlation with the phylogeny. Atlantic species were rarely contaminated, with ciguatera occurrences being restricted to the South Pacific. CONCLUSIONS: The recent changes in classification based on the reanalyses of the relationships within Epinephelidae have an impact on the interpretation of the ciguatera distribution in the genera. In this context and to improve the monitoring of fish trade and safety, we need to obtain extensive data on contamination at the species level. Accurate species identifications through DNA barcoding are thus an essential tool in controlling CFP since meal remnants in CFP cases can be easily identified with molecular tools.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».