Use of a Combination of Isotopically Coded Cross-Linkers and Isotopically Coded N-Terminal Modification Reagents for Selective Identification of Inter-peptide Crosslinks
Notice bibliographique
Résumé
Cross-linking combined with mass spectrometry has great potential for determining three-dimensional structures of proteins and protein assemblies. One of the main analytical challenges of this method is the specific detection and identification of the inter-peptide crosslinks in the peptide mixture after enzymatic digestion of the cross-linked protein complex. These inter-peptide crosslinks are important because they provide the critical distance information needed for structural proteomics studies. In this paper, we demonstrate the use of isotopically coded N-terminal modification (ICNTM) in combination with isotopically coded cross-linkers (ICCL) for specific detection of inter-peptide crosslinks. Inter-peptide crosslinks contain two amino termini, compared to one in the case of free peptides, dead-end crosslinks, or intra-peptide crosslinks. Therefore, N-terminal modification with a 1:1 mixture of heavy and light isotopically coded reagents produces inter-peptide crosslinks with a distinct isotopic signature (a 1:2:1 ratio). Modification also occurs at the epsilon-amino groups of non-cross-linked lysine residues, resulting in two modifications per free lysine-containing peptide. However, if ICCL and ICNTM are used together, inter-peptide crosslinks can be distinguished from free lysine-containing peptides. Specialized software has also been developed for the analysis of ICCL + ICNTM experimental data. This procedure, combined with software for data analysis, provides a simple and rapid method for specific detection of inter-peptide crosslinks.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».