Understanding the Influence of Guest–Host Interactions on the Conformation of Short Peptides in a Hydrophobic Cavity: A Computational Study
Notice bibliographique
Résumé
We performed a computational investigation to understand the conformational preferences of four short peptides in a self-assembled cage based on the experimental work by Y. Hatakeyama et al. (Angew. Chem. Int. Ed.2009, 48, 8695). For this purpose, we combined molecular dynamics simulations, Monte Carlo simulations, and quantum mechanical calculations to obtain energies and structures for several low-lying conformers of four peptides and the corresponding peptide-cage inclusion complexes. Our calculations at both B3LYP and MP2 levels show that for each peptide, the corresponding conformation within the host (as revealed by the crystal structure) does not represent the lowest-energy conformation of this peptide in vacuum. By comparing some low-lying conformers in vacuum and in the cavity (for the same peptide), we found that the cage has a significant influence on the conformational propensities of peptides. First, one carbonyl oxygen of each peptide tends to bind to one Zn(II) atom of the cage, forming a Zn-O bond. The formation of this bond leads to significant charge transfer from the cage to the peptide. Second, this Zn-O bond causes the peptide to go through some local conformational changes. For larger peptides, such as penta- and hexapeptides, our calculations also show that some of their conformers must undergo significant structural changes, due to the confinement of the host. This computational study reveals the noticeable influence of the guest-host interaction on the conformational preferences of short peptides.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».