The Phylogeny of Early Eureptiles: Comparing Parsimony and Bayesian Approaches in the Investigation of a Basal Fossil Clade
Notice bibliographique
Résumé
For the first time the phylogenetic relationships of early eureptiles, consisting of captorhinids, diapsids, and protorothyridids, are investigated in a modern phylogenetic context using both parsimony and Bayesian approaches. Ninety parsimony-informative characters and 25 taxa were included in the analyses. The Bayesian analysis was run with and without a gamma-shape parameter allowing for variable rates across characters. In addition, we ran two more Bayesian analyses that included 42 autapomorphies and thus parsimony-uninformative characters in order to test the effect of variable branch lengths. The different analyses largely converged to the same topology, suggesting that the "protorothyridid" Coelostegus is the sister taxon of all other eureptiles and that the remaining "protorothyridids" are paraphyletic. Also, there is a close relationship between diapsids and Anthracodromeus, Cephalerpeton, and Protorothyris, a grouping of Thuringothyris with captorhinids, and a variable position of the "protorothyridids" Brouffia, Hylonomus, and Paleothyris. The lack of resolution in some parts of the tree might be due to "hard polytomies" and short divergence times between the respective taxa. The tree topology is consistent with the hypothesis that the temporal fenestrations of diapsid reptiles appear to be the consequence of a more lightly built skeleton, indicating a significant ecological shift in the early stages of diapsid evolution. Bayesian analysis is a very useful additional approach in studies of fossil taxa in which more traditional statistical support like the bootstrap is often weak. However, the exclusive use of the Mk model appears suitable only if autapomorphic characters are included, whereas the Mk+gamma model performed well with or without autapomorphies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,015 | 0,031 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».