Abundance dynamics and sequence variation of neomycin phosphotransferase gene (nptII) homologs in river water
Notice bibliographique
Résumé
AME Aquatic Microbial Ecology Contact the journal Facebook Twitter RSS Mailing List Subscribe to our mailing list via Mailchimp HomeLatest VolumeAbout the JournalEditorsSpecials AME 48:131-140 (2007) - doi:10.3354/ame048131 Abundance dynamics and sequence variation of neomycin phosphotransferase gene (nptII) homologs in river water Bin Zhu* National Water Research Institute, Environment Canada, 11 Innovation Blvd, Saskatoon, Saskatchewan S7N 3H5, Canada *Email: bin.zhu@ec.gc.ca ABSTRACT: Monitoring the abundance and dynamics of antibiotic resistance genes is essential for assessing their potential effects on environmental and human health. The objectives of the present study were to investigate: (1) the abundance of neomycin phosphotransferase (nptII) gene homologs in water samples collected monthly from the South Saskatchewan River (Canada) for 24 mo, and (2) sequence variation of the cloned nptII gene homologs retrieved from the river. DNA from river microbial communities was used to transform a natural competent Pseudomonas stutzeri strain containing a truncated nptII gene on a plasmid (P. stutzeri pMR7). Of the 24 water samples, the recovery of kanamycin resistant (KmR) transformants from DNA of 4 samples indicated the presence of nptII gene homologous sequences. However, the natural transformation process required ~3.2 × 104 copies of the nptII gene to recover a single KmR transformant. To overcome the limitation of detection, a real-time PCR assay using SYBR Green I was developed to quantify the abundance of nptII gene homologous sequences in river microbial communities. The results showed that nptII gene homologous sequences were present in the river, and their abundance varied over the course of this study, ranging from undetectable levels to 4.36 × 106 copies l–1 water. Furthermore, nptII gene homologous sequences amplified from river microbial community DNA were cloned, and unique clones were sequenced. Comparison of the nucleotide and deduced amino acid sequences of the cloned fragments to those of the nptII gene on transposon Tn5 showed that they had over 96% homology. KEY WORDS: Neomycin phosphotransferase gene · nptII · Abundance dynamics · Water samples · Homologous sequence · Real-time PCR Full text in pdf format PreviousNextExport citation RSS - Facebook - Tweet - linkedIn Cited by Published in AME Vol. 48, No. 2. Online publication date: July 10, 2007 Print ISSN: 0948-3055; Online ISSN: 1616-1564 Copyright © 2007 Inter-Research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».