qPCR Assays for the Detection of <i>Cylindrocladium buxicola</i> in Plant, Water, and Air Samples
Notice bibliographique
Résumé
Cylindrocladium buxicola (syn. C. pseudonaviculatum; teleomorph Calonectria pseudonaviculata) is an important fungal pathogen of Buxus spp. Although widespread in Western Europe, this pathogen has only recently been introduced into North America, where it represents a significant threat to the U.S. and Canadian boxwood industries. Trade of latently infected nursery stock is an important mode of long-distance dissemination and introduction of this pathogen but no methods for detection of latently infected material are available. Also, the pathways for short-distance dispersal of C. buxicola have not been adequately studied. Improved detection methods of this pathogen in air and water samples would benefit future research in this area. We have developed real-time polymerase chain reaction assays for the detection of C. buxicola based on the ribosomal DNA internal transcribed spacer 1 (ITS) and the β-tubulin 2 gene (TUB). Using a TaqMan probe conjugated with a 3' minor groove binding group (TaqMan MGB probe), the ITS-based assay could reliably detect as little as 10 fg of genomic DNA or 20 copies of cloned target DNA and was approximately 70 times more sensitive than the SYBR Green TUB-based assay. The ITS-based assay provided good but not complete specificity, and is well suited for epidemiological studies. The TUB-based assay, however, proved to be fully specific and can be used for diagnostics. We developed and optimized sample processing and DNA extraction methods for detection of latently present C. buxicola in boxwood plants and quantification of conidia in water and air samples. C. buxicola could be detected in 20 g of plant material, of which only 1 ppm of the tissue was infected, in 10-ml water samples containing as low as 1 conidium/ml, and on Melinex tape pieces representing 12 h of air sampling containing 10 or more conidia. The applicability of the techniques to plant, water, and air samples of practical size was demonstrated.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».