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Enregistrement W1981402538 · doi:10.1021/ja994436u

Is Oxidative Damage by β-Amyloid and Prion Peptides Mediated by Hydrogen Atom Transfer from Glycine α-Carbon to Methionine Sulfur within β-Sheets?

2000· article· en· W1981402538 sur OpenAlexaff
Arvi Rauk, David A. Armstrong, David P. Fairlie

Notice bibliographique

RevueJournal of the American Chemical Society · 2000
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePrion Diseases and Protein Misfolding
Établissements canadiensUniversity of CalgaryCentre for Drug Research and Development
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésChemistryResidue (chemistry)MethionineProtonationStereochemistryOxidative phosphorylationPeptideDeprotonationHydrogen atom abstractionAmino acidRadicalOrganic chemistryIonBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Methionine in glycine-rich regions of both β-amyloid peptide and prion peptide is thought to be crucial to their neurotoxic properties. We postulate here a role for methionine in the propagation of oxidative damage. The S−H bond dissociation enthalpies, BDE(S−H)s, of dimethylsulfonium ion (CH 3 ) 2 SH + and a S-protonated methionine residue of a polypeptide strand are estimated to be 351 and 326−331 kJ mol - 1, respectively, by the application of calculations at the B3LYP level with large basis sets. These species are direct products of H atom abstraction by radical cations of sulfides. The reactions between a glycine residue and the radical cations of (CH 3 ) 2 S and Met were investigated and the transition structures for H atom transfer located. The results suggest that it is thermodynamically feasible for the S-ionized form of Met to cause oxidative damage at the α C−H site of almost any amino acid residue of a nearby polypeptide strand (BDE( α C−H) = 330−360 kJ mol - 1 ) or to nearby lipids with a bis(allylic) methylene group (BDE(C−H) = 335 kJ mol - 1 ). However, a key observation is that, when the Met residue is incorporated into an antiparallel β-sheet, only a Gly residue is exposed and susceptible to oxidation at the α C−H site. Furthermore, the Gly must lie on a strand of the β-sheet different from that containing Met and must be part of a (5,5) rather than a (3,3) cycle. The same considerations apply to the methyl-deprotonated form of the sulfide radical cation but not the methylene-deprotonated form. These findings suggest a possible mechanism for generating and propagating oxidative damage via a Met residue of the Aβ peptide of Alzheimer's disease and of the prion peptide of Creutzfeldt−Jakob disease. To our knowledge, this is the first proposed mechanism that accounts for the radical damage in either of these diseases and requires peptide β-sheets and amino acids, methionine and glycine.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,526

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,235
Écart entre enseignants0,230 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations79
Publié2000
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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