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Enregistrement W1981813945 · doi:10.1128/aem.00817-08

Isolation and Characterization of Carnocyclin A, a Novel Circular Bacteriocin Produced by <i>Carnobacterium maltaromaticum</i> UAL307

2008· article· en· W1981813945 sur OpenAlexafffund
Leah A. Martin‐Visscher, Marco J. van Belkum, Sylvie Garneau‐Tsodikova, Randy M. Whittal, Jing Zheng, Lynn M. McMullen, John C. Vederas

Notice bibliographique

RevueApplied and Environmental Microbiology · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueProbiotics and Fermented Foods
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaAdvanced Foods and Materials Network
Mots-clésBacteriocinPeptideEdman degradationPeptide sequenceTrypsinBiochemistryMolecular massChemistryChymotrypsinBiologyProteasesBacteriaEnzymeGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Carnobacterium maltaromaticum UAL307, isolated from fresh pork, exhibits potent activity against a number of gram-positive organisms, including numerous Listeria species. Three bacteriocins were isolated from culture supernatant, and using matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry and Edman sequencing, two of these bacteriocins were identified as piscicolin 126 and carnobacteriocin BM1, both of which have previously been described. The remaining bacteriocin, with a molecular mass of 5,862 Da, could not be sequenced by traditional methods, suggesting that the peptide was either cyclic or N-terminally blocked. This bacteriocin showed remarkable stability over a wide temperature and pH range and was unaffected by a variety of proteases. After digestion with trypsin and alpha-chymotrypsin, the peptide was de novo sequenced by tandem mass spectrometry and a linear sequence deduced, consisting of 60 amino acids. Based on this sequence, the molecular mass was predicted to be 5,880 Da, 18 units higher than the observed molecular mass, which suggested that the peptide has a cyclic structure. Identification of the genetic sequence revealed that this peptide is circular, formed by a covalent linkage between the N and C termini following cleavage of a 4-residue peptide leader sequence. The results of structural studies suggest that the peptide is highly structured in aqueous conditions. This bacteriocin, named carnocyclin A, is the first reported example of a circular bacteriocin produced by Carnobacterium spp.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,396
Score d'incertitude au seuil0,286

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,147
Écart entre enseignants0,141 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations165
Publié2008
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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