Peripheral Blood Gene Expression Changes during Allergen Inhalation Challenge in Atopic Asthmatic Individuals
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: (1) To investigate the effects of globin mRNA depletion in detecting differential gene expression in peripheral blood and (2) to investigate changes in peripheral blood gene expression in atopic asthmatic individuals undergoing allergen inhalation challenge. METHODS: Asthmatic subjects (20-60 years of age, with stable, mild allergic asthma, n = 9) underwent allergen inhalation challenges. All had an early asthmatic response of ≥20% fall in forced expiratory volume in 1 second. Blood was collected immediately prior to and 2 hours after allergen challenge using PAXgene tubes (n = 4) and EDTA tubes (n = 5). Aliquots of the PAXgene blood samples were subjected to globin reduction (PAX-GR). Transcriptome analysis was performed using Affymetrix GeneChip(®) Human Gene 1.0 ST arrays. Data were preprocessed using factor analysis for robust microarray summarization and analyzed using linear models for microarrays. Pathway analyses were performed using Ingenuity Pathway Analysis. RESULTS: Globin reduction uncovered probe sets of lower abundance. However, it significantly reduced the ability to detect differentially expressed genes (DEGs) when compared to non-globin-reduced PAXgene samples (PAX-NGR). Combined transcriptional analysis of four PAX-NGR and five EDTA sample pairs identified 1595 DEGs associated with allergen inhalation challenge (false discovery rate ≤ 5%), with the top-ranked network of perturbed biological functions consisting of inflammatory response, cellular movement, and immune cell trafficking. CONCLUSIONS: While we have demonstrated a diminished ability to detect DEGs after globin reduction, we have nevertheless identified significant changes in the peripheral blood transcriptome of people with mild asthma 2 hours after allergen inhalation challenge.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».