Comparative evaluation of a chromogenic agar medium – PCR protocol with a conventional method for isolation of Vibrio parahaemolyticus strains from environmental and clinical samples
Notice bibliographique
Résumé
Screening for pathogenic Vibrio parahaemolyticus has become routine in certain areas associated with food-borne outbreaks. This study is an evaluation of the CHROMagar Vibrio (CV) medium-PCR protocol and the conventional method (TCBS (thiosulfate-citrate-bile salts-sucrose) agar plus biochemical and Wagatsuma agar tests) for detection of V. parahaemolyticus in shrimp, water, sediment, and stool samples collected for biosurveillance in an endemic area of northwestern Mexico. A total of 131 environmental and clinical samples were evaluated. The CV medium-PCR protocol showed a significantly improved ability (P < 0.05) to isolate and detect V. parahaemolyticus, identifying isolates of this bacteria missed by the conventional method. Although some other bacteria, distinct from pathogenic V. parahaemolyticus, produced violet colonies similar to that of V. parahaemolyticus on CV medium, we were able to detect a superior number of samples of V. parahaemolyticus with the CV medium-PCR protocol than with the conventional method. The Kanagawa phenomenon is routinely determined on Wagatsuma agar for the diagnosis of V. parahaemolyticus (pathogenic) positive for thermostable direct hemolysin (TDH) in developing countries. In our results, Wagatsuma agar showed low sensitivity (65.4% at 24 h and 75.6% at 48 h) and specificity (52.4% at 48 h) for identifying V. parahaemolyticus positive for TDH. Overall, our data support the use of the CV medium-PCR protocol in place of the conventional method (TCBS-biochemical tests-Wagatsuma agar) for detection of pathogenic V. parahaemolyticus, both in terms of effectiveness and cost efficiency.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».