BAP1 Immunohistochemistry and p16 FISH to Separate Benign From Malignant Mesothelial Proliferations
Notice bibliographique
Résumé
A variety of immunohistochemical (IHC) stains have been proposed to mark either benign or malignant mesothelial proliferations. Loss of the p16 tumor suppressor (CDKN2A), through homozygous deletions of 9p21, is a good marker of mesotheliomas but lacks sensitivity. Recent reports indicate that some mesotheliomas are associated with loss of BRCA-associated protein 1 (BAP1) expression. Here we investigate BAP1 and p16 as potential markers of malignancy and compare test characteristics with previously proposed markers using a well-characterized tissue microarray. BAP1 protein expression was interrogated by IHC. The p16 locus was examined by fluorescence in situ hybridization (FISH) directed toward chromosome 9p21. Loss of BAP1 was identified in 7/26 mesotheliomas and 0/49 benign proliferations. Loss of p16 was identified in 14/27 mesotheliomas and 0/40 benign proliferations, yielding 100% specificity and positive predictive value for each marker. Together, BAP1 IHC and p16 FISH were 58% sensitive for detecting malignancy. Various combinations of p53, EMA, IMP3, and GLUT1 showed reasonably high specificity (96% to 98%) but poor to extremely poor sensitivity. Combined BAP1 IHC/p16 FISH testing is a highly specific method of diagnosing malignant mesotheliomas when the question is whether a mesothelial proliferation is benign or malignant and is particularly useful when tissue invasion by mesothelial cells cannot be demonstrated. However, combined BAP1/p16 FISH testing is not highly sensitive, and negative results do not rule out a mesothelioma. The test characteristics of previously proposed markers EMA, p53, GLUT1, IMP3 suggest that, even in combination, these markers are not useful tools in this clinical setting.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».