Quantitative Trait Loci (QTL) Study Identifies Novel Genomic Regions Associated to Chiari-Like Malformation in Griffon Bruxellois Dogs
Notice bibliographique
Résumé
Chiari-like malformation (CM) is a developmental abnormality of the craniocervical junction that is common in the Griffon Bruxellois (GB) breed with an estimated prevalence of 65%. This disease is characterized by overcrowding of the neural parenchyma at the craniocervical junction and disturbance of cerebrospinal fluid (CSF) flow. The most common clinical sign is pain either as a direct consequence of CM or neuropathic pain as a consequence of secondary syringomyelia. The etiology of CM remains unknown but genetic factors play an important role. To investigate the genetic complexity of the disease, a quantitative trait locus (QTL) approach was adopted. A total of 14 quantitative skull and atlas measurements were taken and were tested for association to CM. Six traits were found to be associated to CM and were subjected to a whole-genome association study using the Illumina canine high density bead chip in 74 GB dogs (50 affected and 24 controls). Linear and mixed regression analyses identified associated single nucleotide polymorphisms (SNPs) on 5 Canis Familiaris Autosomes (CFAs): CFA2, CFA9, CFA12, CFA14 and CFA24. A reconstructed haplotype of 0.53 Mb on CFA2 strongly associated to the height of the cranial fossa (diameter F) and an haplotype of 2.5 Mb on CFA14 associated to both the height of the rostral part of the caudal cranial fossa (AE) and the height of the brain (FG) were significantly associated to CM after 10 000 permutations strengthening their candidacy for this disease (P = 0.0421, P = 0.0094 respectively). The CFA2 QTL harbours the Sall-1 gene which is an excellent candidate since its orthologue in humans is mutated in Townes-Brocks syndrome which has previously been associated to Chiari malformation I. Our study demonstrates the implication of multiple traits in the etiology of CM and has successfully identified two new QTL associated to CM and a potential candidate gene.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».