Text as data: Using text-based features for proteins representation and for computational prediction of their characteristics
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The current era of large-scale biology is characterized by a fast-paced growth in the number of sequenced genomes and, consequently, by a multitude of identified proteins whose function has yet to be determined. Simultaneously, any known or postulated information concerning genes and proteins is part of the ever-growing published scientific literature, which is expanding at a rate of over a million new publications per year. Computational tools that attempt to automatically predict and annotate protein characteristics, such as function and localization patterns, are being developed along with systems that aim to support the process via text mining. Most work on protein characterization focuses on features derived directly from protein sequence data. Protein-related work that does aim to utilize the literature typically concentrates on extracting specific facts (e.g., protein interactions) from text. In the past few years we have taken a different route, treating the literature as a source of text-based features, which can be employed just as sequence-based protein-features were used in earlier work, for predicting protein subcellular location and possibly also function. We discuss here in detail the overall approach, along with results from work we have done in this area demonstrating the value of this method and its potential use.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle