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Enregistrement W1982243106 · doi:10.1021/jp712058a

Computational and Experimental Evidence for the Structural Preference of Phenolic C-8 Purine Adducts

2008· article· en· W1982243106 sur OpenAlexaff
Andrea L. Millen, Christopher K. McLaughlin, Kewen M. Sun, Richard A. Manderville, Stacey D. Wetmore

Notice bibliographique

RevueThe Journal of Physical Chemistry A · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueDNA and Nucleic Acid Chemistry
Établissements canadiensUniversity of GuelphUniversity of Lethbridge
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésChemistryIntramolecular forceHydrogen bondAdductNucleobaseSolvent effectsBond lengthComputational chemistryGlycosidic bondPhotochemistrySolventStereochemistryCrystallographyMoleculeOrganic chemistryDNACrystal structure

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The structural and spectral properties of (ortho and para) C8-aryl-purine adducts formed from carbon attachment by phenolic toxins were investigated through DFT calculations and UV-vis absorbance and emission studies. The global minima of both the deoxyadenosine (dA) and deoxyguanosine (dG) adducts adopted a syn conformation about the glycosidic bond due to the presence of an O5'-H...N3 hydrogen bond, where the anti minima are 20-30 kJ mol-1 higher in energy. While the nucleobase adducts are planar, the presence of the deoxyribose sugar induces a twist about the carbon-carbon bond connecting the phenol and nucleobase rings. ortho-Phenolic adducts are less twisted than the corresponding para adducts due to stabilization provided by an intramolecular O-H...N7 bond. Solvation calculations, in combination with UV-vis studies, demonstrate that the structural preference is solvent dependent, where solvents with hydrogen-bonding abilities disrupt the intramolecular O-H...N7 hydrogen bond such that a greater degree of twist is observed, and less polar solvents stabilize the planar structure. Indeed, the ratio of twisted to planar conformers is estimated to be as large as 50:50 in some aprotic solvents. Thus, the combined experimental and computational approach has provided a greater understanding of the structure of the ortho- and para-dA and dG C-bonded phenoxyl adducts as the first step to understanding the biological consequences of this form of DNA damage.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,215

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,039
Tête enseignante GPT0,296
Écart entre enseignants0,257 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations41
Publié2008
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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