Comparative analysis of the<i>Brassica oleracea</i>genetic map and the<i>Arabidopsis thaliana</i>genome
Notice bibliographique
Résumé
We further investigated genome macrosynteny for Brassica species and Arabidopsis thaliana. This work aimed at comparative map construction for B. oleracea and A. thaliana chromosomes based on 160 known A. thaliana probes: 147 expressed sequence tags (ESTs) and 13 full-length cDNA clones. Based on an in silico study of the A. thaliana genome, most of the selected ESTs (83%) represented unique or low-copy genes. We identified conserved segments by the visual inspection of comparative data with a priori assumptions, and established their significance with the LineUp algorithm. Evaluation of the number of B. oleracea gene copies per A. thaliana EST revealed a fixed upward trend. We established a segregation distortion pattern for all genetic loci, with particular consideration of the type of selection (gametic or zygotic), and discuss its possible impact on genetic map construction. Consistent with previous reports, we found evidence for numerous chromosome rearrangements and the genome fragment replication of B. oleracea that have taken place since the divergence of the two species. Also, we found that over 54% of the B. oleracea genome is covered by 24 segments conserved with the A. thaliana genome. The average conserved segment is composed of 5 loci covering 19.3 cM in the B. oleracea genetic map and 2.42 Mb in the A. thaliana physical map. We have also attempted to use a unified system of conserved blocks (previously described) to verify our results and perform a comprehensive comparison with other Brassica species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».