Nuclear Magnetic Resonance Structure of the Varkud Satellite Ribozyme Stem−Loop V RNA and Magnesium-Ion Binding from Chemical-Shift Mapping<sup>,</sup>
Notice bibliographique
Résumé
An important step in the substrate recognition of the Neurospora Varkud Satellite (VS) ribozyme is the formation of a magnesium-dependent loop/loop interaction between the terminal loops of stem-loops I and V. We have studied the structure of stem-loop V by nuclear magnetic resonance spectroscopy and shown that it adopts a U-turn conformation, a common motif found in RNA. Structural comparisons indicate that the U-turn of stem-loop V fulfills some but not all of the structural characteristics found in canonical U-turn structures. This U-turn conformation exposes the Watson-Crick faces of the bases within stem-loop V (G697, A698, and C699) and makes them accessible for interaction with stem-loop I. Using chemical-shift mapping, we show that magnesium ions interact with the loop of the isolated stem-loop V and induce a conformational change that may be important for interaction with stem-loop I. This study expands our understanding of the role of U-turn motifs in RNA structure and function and provides insights into the mechanism of substrate recognition in the VS ribozyme.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».