Characterization of the Interactions between the Bacteriophage T4 AsiA Protein and RNA Polymerase
Notice bibliographique
Résumé
The anti-sigma factor AsiA effects a change in promoter specificity of the Escherichia coli RNA polymerase via interactions with two conserved regions of the sigma(70) subunit, denoted 4.1 and 4.2. Free AsiA is a symmetrical homodimer. Here, we show that AsiA is monomeric when bound to sigma(70) and that a subset of the residues that contribute to the homodimer interface also contributes to the interface with sigma(70). AsiA interacts primarily with C-terminal sections of regions 4.1 and 4.2, which show remarkable sequence similarity. An AsiA monomer can simultaneously, and apparently cooperatively, bind both isolated regions 4.1 and 4.2 at preferred, distinct subsites, whereas region 4.1 alone or region 4.2 alone can interact with either subsite. These results suggest structural and functional plasticity in the interaction of AsiA with sigma(70) and support the notion of discrete roles for regions 4.1 and 4.2 in transcription regulation by AsiA. Furthermore, we show that AsiA inhibits recognition of the -35 consensus promoter element by region 4 of sigma(70) indirectly, as the residues on region 4 responsible for AsiA binding are distinct from those involved in DNA binding. Finally, we show that AsiA must directly disrupt the interaction of region 4 with the RNA polymerase beta subunit flap domain, resulting in a distance change between region 2 and region 4 of sigma(70). Thus, a new paradigm for transcription regulation by AsiA is emerging, whereby the distance between the DNA binding domains in sigma(70) is regulated, and promoter recognition specificity is modulated, by mediating the interactions of the sigma region 4 with the beta subunit flap domain.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».