Modeling the interactions between peptide functions and Sr2+: formamide–Sr2+ reactions in the gas phase
Notice bibliographique
Résumé
The interactions between formamide, which can be considered a prototype of a peptide function, and Sr(2+) have been investigated by combining nanoelectrospray ionization/mass spectrometry techniques and G96LYP DFT calculations. For Sr an extended LANL2DZ basis set was employed, together with a 6-311+G(3df,2p) basis set expansion for the remaining atoms of the system. The observed reactivity seems to be dominated by the Coulomb explosion process yielding [SrOH](+) + [HNCH](+), which are the most intense peaks in the MS/MS spectra. Nevertheless, additional peaks corresponding to the loss of HNC and CO indicate that the association of Sr(2+) to water or to ammonia leads to long-lived doubly charged species detectable in the timescale of these experimental techniques. The topology of the calculated potential energy surface permits us to establish the mechanisms behind these processes. Although the interaction between the neutral base and Sr(2+) is essentially electrostatic, the polarization triggered by the doubly charged metal ion results in the activation of several bonds, and favors different proton transfer mechanisms required for the formation of the [SrOH](+), [SrOH(2)](2+) and [SrNH(3)](2+) products.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».