Characterization of soybean bradyrhizobia for which serogroup affinities have not been identified
Notice bibliographique
Résumé
The USDA, ARS National Rhizobium Germplasm Collection contains 143 accessions of slow-growing soybean strains among which there are 17 distinct serological groups. However, 11 strains appear to have no serological affinity with the 17 serogroups. Therefore, we determined whether these strains were diverse and examined their phylogenetic placement. Nine strains formed nitrogen-fixing symbioses with soybean indicating that these accessions were not contaminants. We concluded from results of amplified fragment length polymorphism (AFLP) analysis, using 3 selective primers with 8 strains, that they were genetically dissimilar. Nine strains were examined for their fatty acid composition using fatty acid methyl ester (FAME) derivatives. The FAME results with 5 strains and serotype strains of Bradyrhizobium elkanii were similar, while results with each of the remaining 2 pairs were either similar to the type strain of Bradyrhizobium japonicum (USDA 6) or to USDA 110. Evolutionary history of 9 strains was reconstructed from sequence divergence of a combination of the complete 16S rRNA gene, the internally transcribed spacer region, and about 400 bases of the 5' end of the 23S rRNA gene. Placement of 5 strains was nested within B. elkanii, 2 with USDA 110, and the other 2 with USDA 6. We concluded that soybean isolates that cannot be placed within one of the 17 established serogroups are phenotypically and genetically as diverse as the serotype strains.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».