Temporal and Spatial Stability of Ammonia-Oxidizing Archaea and Bacteria in Aquarium Biofilters
Notice bibliographique
Résumé
Nitrifying biofilters are used in aquaria and aquaculture systems to prevent accumulation of ammonia by promoting rapid conversion to nitrate via nitrite. Ammonia-oxidizing archaea (AOA), as opposed to ammonia-oxidizing bacteria (AOB), were recently identified as the dominant ammonia oxidizers in most freshwater aquaria. This study investigated biofilms from fixed-bed aquarium biofilters to assess the temporal and spatial dynamics of AOA and AOB abundance and diversity. Over a period of four months, ammonia-oxidizing microorganisms from six freshwater and one marine aquarium were investigated at 4-5 time points. Nitrogen balances for three freshwater aquaria showed that active nitrification by aquarium biofilters accounted for ≥ 81-86% of total nitrogen conversion in the aquaria. Quantitative PCR (qPCR) for bacterial and thaumarchaeal ammonia monooxygenase (amoA) genes demonstrated that AOA were numerically dominant over AOB in all six freshwater aquaria tested, and contributed all detectable amoA genes in three aquarium biofilters. In the marine aquarium, however, AOB outnumbered AOA by three to five orders of magnitude based on amoA gene abundances. A comparison of AOA abundance in three carrier materials (fine sponge, rough sponge and sintered glass or ceramic rings) of two three-media freshwater biofilters revealed preferential growth of AOA on fine sponge. Denaturing gel gradient electrophoresis (DGGE) of thaumarchaeal 16S rRNA genes indicated that community composition within a given biofilter was stable across media types. In addition, DGGE of all aquarium biofilters revealed low AOA diversity, with few bands, which were stable over time. Nonmetric multidimensional scaling (NMDS) based on denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) fingerprints of thaumarchaeal 16S rRNA genes placed freshwater and marine aquaria communities in separate clusters. These results indicate that AOA are the dominant ammonia-oxidizing microorganisms in freshwater aquarium biofilters, and that AOA community composition within a given aquarium is stable over time and across biofilter support material types.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».