Carbohydrate–Lipid Interactions: Affinities of Methylmannose Polysaccharides for Lipids in Aqueous Solution
Notice bibliographique
Résumé
The interactions between 3-O-methyl-mannose polysaccharides (MMPs), extracted from Mycobacterium smegmatis (consisting of a mixture of MMP-10, -11, -12 and -13) or obtained by chemical synthesis (MMP-5(s), -8(s), -11(s) and -14(s)), and linear saturated and unsaturated fatty acids (FAs), and a commercial mixture of naphthenic acids (NAs) in aqueous solution at 25 °C and pH 8.5 were quantified by electrospray ionization mass spectrometry (ESI-MS). Association constants (K(a)) for MMP binding to four FAs (myristic acid, palmitic acid, stearic acid and trans-parinaric acid) were measured by using an indirect ESI-MS assay, the "proxy protein" method. The K(a) values are in the 10(4)-10(5) M(-1) range and, based on results obtained for the binding of the synthetic MMPs with palmitic acid, increase with the size of the carbohydrate. Notably, the measured affinity of the extracted MMPs for trans-parinaric acid is two orders of magnitude smaller than the reported value, which was determined by using a fluorescence assay. Using a newly developed competitive binding assay, referred to as the "proxy protein/proxy ligand" ESI-MS method, it was shown that MMPs bind specifically to NAs in aqueous solution, with apparent affinities of approximately (5×10(4)) M(-1) for the mixture of NAs tested. This represents the first demonstration that MMPs can bind to hydrophobic species more complex than those containing linear alkyl/alkenyl chains. Moreover, the approach developed here represents a novel method for probing carbohydrate-lipid interactions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».