High-resolution cDNA microarray CGH mapping of genomic imbalances in osteosarcoma using formalin-fixed paraffin-embedded tissue
Notice bibliographique
Résumé
Formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) tumor tissue provides an opportunity to perform retrospective genomic studies of tumors in which chromosomal imbalances are strongly associated with oncogenesis. The application of comparative genomic hybridization (CGH) has led to the rapid accumulation of cytogenetic information on osteosarcoma (OS); however, the limited resolving power of metaphase CGH does not permit precise mapping of imbalances. Array CGH allows quantitative detection and more precise delineation of copy number aberrations in tumors. Unfortunately the high cost and lower density of BACs on available commercial arrays has limited the ability to comprehensively profile copy number changes in tumors such as OS that are recurrently subject to genomic imbalance. In this study a cDNA/EST microarray including 18,980 human cDNAs (which represent all 22 pairs of autosomal chromosomes and chromosome X) was used for CGH analysis of eight OS FFPE. Chromosomes 1, 12, 17, and X harbored the most imbalances. Gain/amplification of X was observed in 4/8 OS, and in keeping with other recent genomic analyses of OS, gain/amplification of 17p11.2 was often accompanied by a distal deletion in the region of the p53 gene. Gain/amplification of the X chromosome was verified using interphase FISH carried out on a subset of OS FFPE sections and OS tissue arrays.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».