Characterizing the Metabolism of Dehalococcoides with a Constraint-Based Model
Notice bibliographique
Résumé
Dehalococcoides strains respire a wide variety of chloro-organic compounds and are important for the bioremediation of toxic, persistent, carcinogenic, and ubiquitous ground water pollutants. In order to better understand metabolism and optimize their application, we have developed a pan-genome-scale metabolic network and constraint-based metabolic model of Dehalococcoides. The pan-genome was constructed from publicly available complete genome sequences of Dehalococcoides sp. strain CBDB1, strain 195, strain BAV1, and strain VS. We found that Dehalococcoides pan-genome consisted of 1118 core genes (shared by all), 457 dispensable genes (shared by some), and 486 unique genes (found in only one genome). The model included 549 metabolic genes that encoded 356 proteins catalyzing 497 gene-associated model reactions. Of these 497 reactions, 477 were associated with core metabolic genes, 18 with dispensable genes, and 2 with unique genes. This study, in addition to analyzing the metabolism of an environmentally important phylogenetic group on a pan-genome scale, provides valuable insights into Dehalococcoides metabolic limitations, low growth yields, and energy conservation. The model also provides a framework to anchor and compare disparate experimental data, as well as to give insights on the physiological impact of "incomplete" pathways, such as the TCA-cycle, CO(2) fixation, and cobalamin biosynthesis pathways. The model, referred to as iAI549, highlights the specialized and highly conserved nature of Dehalococcoides metabolism, and suggests that evolution of Dehalococcoides species is driven by the electron acceptor availability.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».